Para o desenvolvimento das aulas teóricas e práticas, o curso de Medicina da Fagoc dispõe de oito laboratórios específicos. A estrutura de funcionamento conta com a assessoria da técnica de laboratório, Alisânia Santos Agatão, responsável pela preparação do material a ser utilizado nas aulas e manutenção dos equipamentos.
No laboratório Anatômico, acontecem as aulas e provas práticas relacionadas a dissecação e estudo de órgãos e sistemas. Além do espaço com mesas de mármore para as atividades anatômicas, o laboratório possui, também, uma sala para a preparação de cadáveres onde ficam guardados os materiais de estudo. São seis corpos disponíveis na faculdade. Vale destacar que os cursos de Educação Física e Psicologia da Fagoc também utilizam esse ambiente.
O curso conta também com o Laboratório de Práticas em Imunologia e Biologia Celular destinado ao estudo de mecanismos de defesa do organismo contra antígenos e estrutura celular. Já no laboratório de Histologia, os acadêmicos estudam os tecidos do corpo e sua organização na constituição dos órgãos. Nesses dois laboratórios, os alunos fazem uso de microscópios para visualização dos micro-organizamos.
No laboratório de Habilidades, tanto os alunos de Medicina como os de Educação Física vivenciam práticas fundamentais do dia-a-dia de um hospital. Primeiros socorros e aprender a entubar são algumas das atividades lecionadas nesse laboratório.
Outro espaço da infraestrutura da graduação é o laboratório Multidisciplinar I, separado para pesquisas e experimentos científicos. O Biotério é o local de conservação de animais a serem usados nessas experiências.
